项目概况

中国医学科学院医学信息研究所中国人群多组学参比数据库系统评测平台构建服务项目 采购项目的潜在供应商应在北京市海淀区西直门北大街甲43号金运大厦B座1103室（西直门文慧桥西南角）获取采购文件，并于2021年05月28日 09点30分（北京时间）前提交响应文件。

一、项目基本情况

项目编号：HSZT2021FJ/080

项目名称：中国医学科学院医学信息研究所中国人群多组学参比数据库系统评测平台构建服务项目

采购方式：竞争性谈判

预算金额：54.8000000 万元（人民币）

最高限价（如有）：54.8000000 万元（人民币）

采购需求：

第三部分  采购内容及要求

3.1项目背景

3.1.1项目背景

目前，人类参考基因组和对基因组变异的注释主要来自于HGP/HapMap和千人基因组计划。由于各国人群遗传特殊性不可复制、环境特殊性不可替代，因此基于不同人群和种群遗传背景差异，需要针对不同人群开展基因组研究，从而实现精准医疗。我国也在积极的建立面向中国人群的参考基因组，及表型组和暴露组参考数据集，从多个组学层面突破我国缺少高质量参比数据资源的瓶颈问题，满足精准医学研究的关键共性需求。同时，我国也建立有高效率、高准确性的基因组测序数据分析算法与工作流，构建基因组变异图谱。构建具有纵横可扩展、高效检索、高压缩比、局部化存储访问等特性的多组学参比数据模型。基于多种NoSQL/SQL数据库技术，建立面向不同组学数据的管理、检索与访问技术，面向多组学参比需求的数据视图等数据操作的关键算法，形成多组学参比数据管理技术体系。

3.1.2项目目标

本项目以多组学参比数据库系统评测为目标，调研目前国内外主流多组学数据库特点，根据不同的实验类型，指定相应的数据质量评估分析流程，对多组学参比数据库系统和服务平台进行高通量、自动、本地与远程的多维度的负载测试，测试的性能参数包括分析速度与准确性、数据量、数据库可扩展性、数据检索与访问相应时间、任务并发能力、系统稳定性等。

3.2建设内容

整体项目建设分三步进行完成：1、数据质量评价2、分析流程评价 3、多组学评价。本次建设内容为人类DNA-WES（全基因组测序） 以及 CHIP-SEQ（染色质免疫沉淀后测序） 的数据质量评价和分析流程评价。数据质量和分析流程评价的结果需生成HTML报告并提供下载，评价报告的结果格式需满足指定的范例要求。

3.2.1 DNA-WES数据质量和分析流程评价内容要求

3.2.1.1 DNA-WES数据质量评估输入数据来源及格式

测序数据部分

l fastq格式数据

l SRA格式数据或指定的SRA编号从而引用NCBI，需联网

比对结果

l sam文件或bam文件

SNP突变数据

l 单个样本vcf文件

l 群体样本vcf文件

捕获区域文件

l 测序试剂盒提供的捕获区域bed文件

样本meta信息

l 以json格式提交的样本信息，支持自定义字段

l 以tsv格式提交样本信息

 

3.2.1.2 DNA-WES数据质量和分析流程评估内容

测序数据评估内容（针对fastq以及sra）

• 碱基质量分布

用于反映测序数据质量情况

• reads数量

用于反映样本测序乘数

• 平均 read length

反映数据中二代测序数据长度

l GC含量分布图

用于反映测序数据是否存在GC偏好情况

• Q30、Q20等

用于反映测序数据质量

对比结果评估内容（针对bam或sam文件）

• 目标区域覆盖度统计

用于验证WES实验中芯片捕获效率

• 样本验证

用于排除样本混淆情况

• 比对情况统计信息

统计bam或sam文件中基本比对情况

• 插入片段长度分布情况

用于指导比对是否有效，是后续对比对区域SNP或Indel可信程度的支持证据之一

• 比对序列质量情况统计

对得到比对的read的碱基质量进行评估，侧面放映测序质量情况，以及后续相应位置SNP或indel的可信程度

SNP文件评估内容（单样本vcf文件）

• SNP基本统计（需要背景数据集，分析内容包括各类型突变的计数统计ti/tv等信息）

通过dbSNP数据库，对单样本各类信息进行计算，以反映SNP检测的有效性，是WES数据评价的最主要指标

SNP文件评估内容（多样本vcf文件）

• 样本性别核对

用于校验样本信息，或对缺少meta信息的样本进行相应的补充

• Missing call rate统计

反映样本整体SNP位点缺失情况，该分析为群体关联分析的重要指标之一

• inbreeding_coefficient统计

样本亲缘关系分析，是后续关联分析重要依据

3.2.2 CHIP-SEQ数据质量和分析流程评价内容要求

3.2.2.1 CHIP-SEQ数据质量评估输入数据来源及格式

测序数据

l Fastq文件

l SRA文件或编号

比对文件

l sam文件或bam文件

Peak结果文件

l bed文件格式文件，需包含至少四列信息：染色体、起始位置、终止位置、峰强度。如文件中包含更多信息需按照bed标准格式要求进行提交

样本meta信息

l 以json格式提交的样本信息，支持自定义字段

l 以tsv格式提交样本信息

3.2.2.2 CHIP-SEQ数据质量和分析流程评估内容

• 碱基质量

用于反映测序数据质量情况

• reads数量 （base quality distribution作图）

用于反映样本测序乘数

• 重读率（duplication rate）

反映样本中数据重复情况

• 比对率统计

统计数据比对情况，以反映有效数据量

• Corss-Coverage score 分析

反映样本重现性

• Blacklist区域百分比

反映非特异区域的比对情况，用于评价捕获效率

• Peak分布

从基因组层面说明实验中鉴定到的peak的分布情况，以评价实验的有效性

• 信号强度

信号强度是ChIP效果重要指标，表征捕获的特异性

• 信号强度PCA图

用于图形化展示样本间的关联性

• 信号强度热图等

用于图形化展示样本间的关联性

• 基本可视化

图形化展示各类分析结果。

 

3.3建设要求

3.3.1 软件架构选型要求

软件架构是有关软件整体结构与组件的抽象描述，用于指导大型软件系统各个方面的设计。本系统的软件架构应符合下列要求：

3.3.1.1符合国家、国际及相关行业标准；

3.3.1.2应选取大多数厂商、主流产品所使用的较为通用和成熟的软件架构；

3.3.1.3软件可以长时间平稳可靠运行，各功能模块工作正常，性能维持稳定；

3.3.1.4支持多服务器，能够实现服务器之间的信息交互；

3.3.1.5支持多种网络协议，能够实现异构网络环境的互联、数据交互和互操作；

3.3.1.6具有良好的系统可扩展性，可以较容易地进行功能和性能的升级改造，并可以根据不同需求进行个性化功能的定制；

3.3.1.7具有良好的系统可维护性，可以使系统管理人员方便的对系统进行维护，并可以较快捷的排除系统故障；

3.3.1.8具有友好的用户界面和用户体验。

 

3.3.2性能要求

3.3.2.1保证系统7*24小时全年不间断运行；

3.3.2.2保证系统运行过程中各项性能基本稳定；

3.3.2.3系统因意外停机恢复时间小于2小时；

3.3.2.4每年因系统软件故障造成停机事件小于3次。

 

3.3.3软件工程需求

3.3.3.1本项目中系统的设计开发，要遵守软件工程的原则，采用软件工程的方法，以确保系统预期开发目标的实现，确保工程质量和产品可靠性。完成的目标系统应具备所确定的功能和性能需求；与相关成文的开发标准相一致；并与所有专业开发的软件所期望的隐含特性相一致。

3.3.3.2所开发的目标系统应遵循以下原则：

可靠性原则。平台设计应采用成熟、稳定、可靠的软件技术，保证系统在大数据量、高并发的情况下不间断地安全运行。

安全性原则。充分考虑信息安全对平台的重要性，建立可靠的安全保障体系，对非法侵入、非法攻击和网络计算机病毒应具有很强的防范能力，确保系统经过严格的身份认证，并有相应的技术手段对数据安全和操作安全加以保护。

可操作性原则。操作方式简便灵活；操作界面设计风格统一。软件设计自动化程度较高。

可扩展原则。软件设计要简明，各个功能模块间的耦合度小，便于系统的后续扩展。

可维护性原则。系统应具备良好的结构，各个部分应有明确和完整的定义，使得局部的修改不影响全局和其他部分的结构和运行。

3.3.3.3建立科学的项目管理体系，按照标准的开发规范进行项目实施，并通过SQA小组保证系统的总体质量，确保项目所形成的文档与软件开发成果的一致性。在软件开发过程中，接受招标单位的有关质量监督、开发文档查阅、监督意见提出，以及对软件开发各阶段符合质量要求的产出进行书面签字确认。

3.3.3.4本项目所涉及软件及数据库设计开发，应符合的国家、行业标准规范有：《软件开发规范》（GB8566）；《计算机软件产品开发文件编制指南》（GB8567）等。

3.3.4建设实施要求

投标人应完成目标系统的需求分析、设计、开发、集成、测试和技术支持，制定相关的技术标准和规范，按照部署方案完成应用软件的安装调试，实现系统正常运行，并根据用户需求持续改进，直到最终用户确认满意。基本要求如下：

3.3.4.1编制技术解决方案

投标人需要在深刻分析理解招标文件与合同要求的基础上，对现有总体架构、功能模块和关键技术及技术风险等相关内容进一步地明确与优化，投标时提出满足要求的优质技术解决方案及平台深化设计样本，主要设计方案包括且不限于：系统功能设计方案、系统建设实施方案、系统集成方案等。

中标后，投标人继续深化需求分析，切实了解各阶段工作流程，根据本项目的需求与要求，编制出需求规格说明书，完成系统、科学、可行的设计与技术实施方案。

系统的开发将以经过相关部门批准的需求规格说明书为标准开发，需求规格说明书作为合同的补充附件，与合同具有同等法律效力。

3.3.4.2项目实施安排和工程进度要求

本项目实施周期为2个月，具体进度要求如下：

3.3.4.2.1.合同签署后10日内，开展调研工作并制定详细的《项目实施方案》；

3.3.4.2.2.《项目实施方案》确认后10日内完成需求调研和《系统需求规格说明书》提交招标方评审；

3.3.4.2.3.《系统需求规格说明书》评审通过后15日内，完成《系统详细设计》，并提交招标方评审；

3.3.4.2.4.《系统详细设计》评审通过后10日内系统测试完成，上线试运行。

3.3.4.2.5.上线试运行10日后组织系统初验；

3.3.4.2.6.系统进入完善阶段，在此过程中，招标单位需要根据用户的需求，对系统进行进一步的完善，系统整体运行稳定，招标方组织系统终验。

中标方应该按招标方的要求组织项目实施，招标方拥有对实施进度与完成质量的审核权。

3.3.4.3编制系统运行环境、软硬件要求及其他建议方案

投标人投标时应提供应用系统正常运行所需依赖的环境要求和软硬件要求、系统安全设计方案等：

提供应用软件、系统软件、硬件设备、安全产品以及信息所IT环境集成的建议方案。

3.3.4.4应用系统的开发

投标人在中标后，应完成招标文件规定的各项任务，包括：用户需求、项目的开放前调研、需求分析、系统设计、详细设计、编码、测试、系统试运行、上线实施、培训、验收、交付及合同期内的维护。

投标人应向项目建设单位提供项目成果和服务，承担系统的所有开发和运行责任。未经采购方允许，投标人不得将开发及维护任务转让给第三方单位承担，确实需要由第三方单位承担的，投标人需出具详细说明文档予以申请，待采购方同意后方可转让，外包任务不得高于总任务的40%。系统试运行过程中不论是软件开发出现问题，还是系统实施环节出现问题，全部由中标人负责解决。投标人应保证提供一套完整的系统建设方案，能够与信息所原有设备和系统软件进行无缝衔接，并负责与相关系统的互联互通，保证整个系统的正常运行。本招标文件所要求内容应视为保证系统运行所需的最低要求，如有遗漏，投标人应予以补充，否则一旦中标将认为投标人认同遗漏部分并免费提供。

3.3.4.5在项目实施中投标人必须做到以下要求

提供有丰富的行业经验与技能的项目组进行全过程的驻现场实施开发工作；

积极协助建设单位工作，一切工作听从项目建设单位的统一协调，能替业主分担项目管理工作，与业主同心同德，共同实现项目目标；

进行项目软件开发、试运行的日常组织、管理、协调，通过专业化的项目管理降低项目风险；

提供完整的系统实施方案和项目实施管理办法；

提供详细的项目实施方案和计划进度说明书；

实施过程从严要求软件或组件的质量；

提供详细、全面的人员培训计划和实施方案；

项目实施完成后提供可靠的后期维护工作；

严格按照双方确定的计划进度保质保量完成工作。

3.3.4.6投标人须同意让甲方中有关技术人员参与项目实施各阶段的工作

包括但不限于：设计、开发、安装、调试等工作。并接受业主和监理单位的监督。

3.3.4.7提供技术咨询等其他相关服务

预见项目实施及运行维护工作中可能发生的问题和困难，并向采购人提出解决的办法或建议。根据用户需求持续改进，直到最终用户确认满意。

按照建设单位的安排，做好与其他承建商的协调配合工作，为项目建设单位、监理及其他承建商提供技术支持，包括但不限于：讲解说明平台的设计及实施等技术方案，平台的功能性能、运行环境要求，为其他承建商编写技术方案、进行功能性能测试等提供技术支持；向其他承建商提供开发进度，配合其工作，发现问题及时告之业主及监理，协助解决实施中遇到的技术问题，保障系统的正常运行。

 

3.3.5 文档要求

投标人投标时应对项目各阶段成果、提交物和最终成果的详细清单及提交计划做出实质性响应；

投标人在系统实施的需求分析、设计、开发、调试、试运行、验收过程中，应向采购人提供的规范性文件，包括但不限于：提交开发工具、应用开发软件的源程序、相关图表、完整的软件安装、操作、使用、测试、控制和维护手册。

以上所有文档均采用纸质材料和电子版两种方式交付。

投标人应按照计算机软件工程规范国家标准，并结合本项目进度计划，分阶段提交相应文档，并提供明确的文档交付日程表。

成果交付与知识产权的要求

3.3.5.1提交的成果

在软件开发过程中，软件开发单位应按照软件开发要求形成全面详尽的技术资料，包括可运行的程序、源代码及技术文档等（包含软件验收后调整和补充的项目成果和资料），确保技术资料的一致性和完整性，并向招标单位分阶段按时提交。

表 提交成果一览表

序号	工作阶段	各阶段提交成果
1	前期阶段	《系统实施方案》
2	需求分析	《软件需求分析说明书》
3	系统设计	《详细设计文档》
4	系统编码	《程序的源代码及说明》
5	软件测试	《系统测试报告》、《用户操作手册》、《软件安装手册》、《软件维护手册》
6	系统验收	《项目总结报告》、《项目试运行报告》
7	培训	《培训计划》、《培训材料》
8	其他	《项目工作月报》

 

3.3.5.2知识产权

在本项目软件开发过程中产生的技术成果（包括计算机软件、技术诀窍、秘密信息、技术资料和文件等）的知识产权属于招标单位。在项目结束时，软件开发单位应向招标单位提交软件开发的所有文档（包括文字资料和电子文件）和程序（包括源代码和运行程序）。

3.3.6 软件技术支持和培训

3.3.6.1技术支持

软件开发单位应在质量保证期内负责对招标方的相关人员提供技术咨询服务，质量保证期至少为36个月，并对软件运行过程中发现的技术缺陷予以修改。

3.3.6.1.1技术支持服务内容

在最终验收后，软件开发单位应在医科院信息所指定时间内完成本系统在医科院信息所实际环境中的部署，并在质量保证期内提供至少一名技术人员进行技术支持服务。

在质量保证期内，软件开发单位负责对医科院信息所提出的技术问题进行咨询解答。软件开发单位应对本系统提供7x24小时响应服务，投标人的技术人员应在4小时内赶到现场支持，不得以任何借口拖延。对于医科院信息所提出的相关技术问题，软件开发单位应在2个工作日内给予答复。

在质量保证期内，软件开发单位负责对软件运行过程中发现的技术缺陷，在医科院信息所认可的时间期限内予以修改。软件开发单位应负责把与软件相关的最新信息及时向医科院信息所发布。技术支持服务形式包括热线电话、网站、电子邮件和现场服务等。

3.3.6.1.2技术支持服务人员

软件开发单位在质量保证期内应组建以软件开发队伍为核心的专业技术支持服务队伍，为本合同所约定的技术支持内容提供服务。

技术支持服务队伍的人员组成应包含在系统建设过程中担任重要角色的相关负责人员和开发骨干。

3.3.6.2培训

软件开发单位应根据项目实施的进度要求，及时安排有关培训。对招标方和用户提供应用性的培训，侧重在该软件的使用及系统基本维护、常见问题及解决办法等方面，并提供上机操作，目标是使受训者能够熟悉软件设计思路、掌握该软件的操作、基本维护方法等。医科院信息所负责对培训质量进行监督。培训要求：

培训对象：招标单位及用户的技术人员及业务人员。

培训目标：了解掌握软件的系统结构、功能特点和使用方法。

培训方法：由投标人提供场地、教材、师资及其他相关费用。

培训时间：具体时间由医科院信息所指定。

培训内容：系统介绍、系统构架和基本原理、技术与业务培训、安装使用培训、系统管理与维护等。

3.3.7 保密要求

投标人必须提供对本项目的保密承诺，保证对项目实施过程中产生的各类技术文件、信息、数据以及由医科院信息所、监理方提供的所有内部资料、技术文档和信息予以保密；未经医科院信息所书面许可，投标人不得以任何形式向第三方透露本项目标书以及本项目的任何内容。投标人应对本项目的保密承诺及采取的保密措施做出实质性响应。

合同履行期限：本项目实施周期为2个月

本项目( 不接受  )联合体投标。

二、申请人的资格要求：

1.满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定；

2.落实政府采购政策需满足的资格要求：

1.7.1 中小微型企业、促进残疾人就业、监狱企业有关政策

若供应商按照工信部颁发的“中小企业划型标准”属小型、微型企业，或按照《财政部 民政部 中国残疾人联合会关于促进残疾人就业政府采购政策的通知》（财库〔2017〕 141号）的规定属于残疾人福利性单位的，或属于监狱企业的（由省级以上监狱管理局、戒毒管理局（含新疆生产建设兵团）出具的属于监狱企业的证明文件），其磋商报价扣减6%后再计入磋商报价得分的评审（不累计扣减）。

若本项目所有供应商均属小型、微型企业、残疾人福利性单位或监狱企业的，按原报价进行评审。

1.7.2 节能环保要求

1.7.2.1 鼓励节能政策

在技术、服务等指标同等条件下，优先采购属于财库〔2019〕19号公布的节能产品政府采购品目清单中的产品。

1.7.2.2 鼓励环保政策

在性能、技术、服务等指标同等条件下，优先采购属于财库〔2019〕18号公布的环境标志产品政府采购品目清单中的产品。

1.7.3 信息安全要求

信息安全产品投标应符合《关于信息安全产品实施政府采购的通知》（财库【2010】48号）要求。

3.本项目的特定资格要求：无

三、获取采购文件

时间：2021年05月25日  至 2021年05月27日，每天上午9:00至11:30，下午13:30至16:00。（北京时间，法定节假日除外）

地点：北京市海淀区西直门北大街甲43号金运大厦B座1103室（西直门文慧桥西南角）

方式：1.3.5 供应商在购买竞争性谈判文件时须向采购代理机构提供以下材料：（1）法人授权委托书复印件1份（须附法定代表人和授权代表身份证件复印件并加盖供应商公章）；（2）营业执照或法人证书及加盖供应商公章复印件1份/复印件1份并加盖供应商公章。 供应商通过邮件方式报名的，除在邮件中提交前款要求提交的相关资料扫描件，还须在邮件中注明中国人群多组学参比数据库系统评测平台构建服务项目、采购编号、报名单位相关联系人、联系电话、电子邮箱、由报名单位公司账户汇出的加盖公章的汇款凭证扫描件或网上转账截图。

售价：￥800.0 元（人民币）

四、响应文件提交

截止时间：2021年05月28日 09点30分（北京时间）

地点：北京市海淀区西直门北大街甲43号金运大厦B座1103会议室（ 具体地点 ）。

五、开启

时间：2021年05月28日 09点30分（北京时间）

地点：北京市海淀区西直门北大街甲43号金运大厦B座1103会议室（ 具体地点 ）。

六、公告期限

自本公告发布之日起3个工作日。

七、其他补充事宜

1.5 采购人相关情况

采购人名称：中国医学科学院医学信息研究所

采购人地址：北京市朝阳区雅宝路3号

采购人联系方式：刘老师   010-52328651

1.6 采购代理机构相关情况

开户名称：北京华盛中天咨询有限责任公司

开户银行：中国民生银行北京西直门支行

银行账户：0123014170005724

邮政编码：100044

联 系 人：李福娟

电    话：010-62278948-626

传    真：010-62277461

电子邮箱：hsztzbdl@126.com

八、凡对本次采购提出询问，请按以下方式联系。

1.采购人信息

名 称：中国医学科学院医学信息研究所　　　　　

地址：北京市朝阳区雅宝路3号　　　　　　　　

联系方式：刘老师 010-52328651　　　　　　

2.采购代理机构信息

名 称：北京华盛中天咨询有限责任公司　　　　　　　　　　　　

地　址：北京市海淀区西直门北大街甲43号金运大厦B座1103室（西直门文慧桥西南角）　　　　　　　　　　　　

联系方式：李福娟，010-62278948-626　　　　　　　　　　　　

3.项目联系方式

项目联系人：熊小平 兰少光

电　话：　　010-62278948